Kelompok PKI pun mendatangi kediaman masing-masing anggota TNI AD dengan mengaku sebagai Cakrabirawa, pasukan pengamanan Istana. Mereka berdalih bahwa para korban dipanggil oleh Presiden Soekarno.

R. Soeprapto, S. Parman, dan Sutoyo Siswomiharjo pun ikut dengan PKI ke sebuah markas di kawasan Pondok Gede, Jakarta Timur. Begitu juga dengan Kapten Pierre Andreas Tendean yang menjadi korban salah tangkap saat berada di kediaman A.H. Nasution.

Setelah tiba di markas tersebut, keempat korban langsung dibunuh dan mayatnya dimasukkan ke sebuah sumur tua di markas tersebut yang kemudian dikenal sebagai Lubang Buaya.

Sementara Ahmad Yani, M.T Haryono, dan D.I Pandjaitan ditembak di kediaman masing-masing, lalu mayatnya dibawa dan dimasukkan ke sumur yang sama, sedangkan A.H Nasution selamat dari G30S PKI.

Seluruh rangkaian pemberontakan ini terjadi pada 30 September menuju 1 Oktober 1965. Begitu mengetahui aksi ini, TNI langsung memburu PKI di bawah pimpinan Mayor Jenderal Soeharto.

Namun, mayat para korban baru ditemukan pada 4 Oktober 1965. Setelah itu, mayat para korban langsung diangkat.