Setelah itu, Haedar melanjutkan pendidikan master dan doktor di bidang sosiologi di FISIPOL UGM.

Perjalanan pengabdian Haedar di Muhammadiyah dimulai pada tahun 1983. Ia mendaftar menjadi anggota dengan nomor anggota 545549.

Haedar tercatat pernah menjabat sebagai Ketua I Pimpinan Pusat Ikatan Pelajar Muhammadiyah (IPM) periode 1983-1986. Ia juga juga sempat menjadi pengurus PP Pemuda Muhammadiyah periode 1985-1990.

Kiprahnya di Pimpinan Pusat Muhammadiyah diawali dengan menjadi Ketua Badan Pendidikan Kader tahun 1985-1995. Kemudian menjadi pengurus Angkatan Muda Muhammadiyah pada periode 1995-2000.

Kariernya terus melesat. Haedar menjabat sebagai Sekretaris PP Muhammadiyah periode 2000-2005 di bawah kepemimpinan Syafii Ma’arif. Lalu, Ia menjabat Ketua PP Muhammadiyah 2005-2010 dan 2010-2015 di bawah kepemimpinan dua periode Din Syamsuddin.

Haedar juga kerap menulis beberapa buku-buku terkait Muhammadiyah. Paling terkenal adalah bukunya berjudul ‘Muhammadiyah Gerakan Pembaruan’.

Ia juga menulis buku ‘Memahami Ideologi Muhammadiyah’, ‘Islam Syariat’, ‘Muhammadiyah Abad Kedua’ hingga ‘Menggugat Modernitas Muhammadiyah: Refleksi Satu Abad Perjalanan Muhammadiyah’.